Il funzionamento a secco è una delle caratteristiche chiave che differenziano le pompe pneumatiche a membrana da altri tipi di pompe. Nella maggior parte dei casi ciò non danneggerà la pompa, né i suoi elementi. Per questo le pompe AODD trovano spesso impiego in applicazioni in cui il fluido può esaurirsi inaspettatamente (prosciugamento di pozzetti, travaso di serbatoi e cisterne, ecc.).

Tuttavia, dovremmo essere consapevoli dei pochi effetti collaterali derivanti dal funzionamento a secco della pompa e dei costi e dei rischi ad esso associati.

Quando è in funzione a secco, la pompa a membrana non si surriscalderà, non ci sono superfici che si sfregano l'una con l'altra causando un'eccessiva generazione di calore. Inoltre, la cavitazione di aspirazione della pompa AODD non è così distruttiva come nel caso delle pompe rotative. Tuttavia, si sconsiglia di funzionare a secco costantemente o per lunghi periodi.

Il funzionamento a secco è improduttivo e costoso. La pompa a membrana che funziona a secco accelera. Una pompa con funzionamento a secco può funzionare da due a tre volte più velocemente rispetto a quando è sotto carico. Ciò comporterà un maggiore consumo d'aria (costo dell'elettricità) e un consumo improduttivo dei cicli dei diaframmi. A causa dell'aumento della velocità della pompa durante il funzionamento a secco, i diaframmi eseguiranno molte corse "a vuoto" diminuendo la propria elasticità (capacità di tornare alla sua forma originale dopo che è stata allungata) il che si traduce in una riduzione della durata.